Leistet die Arbeitgeberin oder der Arbeitgeber für die Dauer des Anspruchs Lohnfortzahlungen, so zahlt die Ausgleichskasse die Vaterschaftsentschädigung der Arbeitgeberin oder dem Arbeitgeber aus.
Bei Differenzen mit der Arbeitgeberin oder dem Arbeitgeber oder wenn besondere Umstände vorliegen, ist die direkte Auszahlung der Vaterschaftsentschädigung durch die Ausgleichskasse möglich. Als besondere Umstände gelten etwa, wenn die Arbeitgeberin oder der Arbeitgeber zahlungsunfähig oder säumig ist, oder wenn sie oder er keine Kenntnis von Tatsachen erhalten soll, die eine andere Erwerbstätigkeit des Vaters betreffen (Lohnhöhe, selbständige Erwerbstätigkeit u. a.).
Die Entschädigung kann auch den unterhalts- oder unterstützungsberechtigten Angehörigen des Vaters ausbezahlt werden. Die Vaterschaftsentschädigung wird nachschüssig ausgerichtet und zwar nach dem Bezug des letzten Urlaubstages. Die Vaterschaftsentschädigung kann auch im Ausland ausbezahlt werden, wenn der Vater nach der Geburt seinen Wohnsitz ins Ausland verlegt. In diesem Fall ist die Schweizerische Ausgleichskasse zuständig.